Generalinio direktoriaus darbo užmokestis yra nustatomas remiantis Vyriausybės nutarimu dėl Valstybės valdomų įmonių vadovų darbo užmokesčio. Nutarime numatyta, kad įmonės vadovo (generalinio direktoriaus) darbo užmokestį sudaro: pareiginė alga, kintamoji dalis ir premija.

• Pareiginė alga nustatoma koeficientais, atsižvelgiant į valstybės įmonės kategoriją. Pareiginė alga apskaičiuojama, pareiginės algos koeficientą padauginus iš pareiginės algos (atlyginimo) bazinio dydžio, nustatyto Lietuvos Respublikos pareiginės algos (atlyginimo) bazinio dydžio nustatymo ir asignavimų darbo užmokesčiui perskaičiavimo įstatyme. Valstybės įmonės vadovo pareiginės algos koeficiento dydį nustato valstybės įmonės savininko teises ir pareigas įgyvendinanti institucija. Nuo 2024 m. sausio 1 d. LR vidaus reikalų ministerija įmonės vadovui nustatė pareiginės algos koeficientą 6,00. Valstybėje nuo 2024 m. sausio 1 d. nustatytas pareiginės algos (atlyginimo) bazinis dydis – 1785,4 Eur.
• Kintamoji dalis priklauso nuo valstybės įmonės vadovui nustatytų veiklos rodiklių, susijusių su valstybės įmonės tikslų įgyvendinimu ir (arba) valstybės įmonės vadovui numatytų užduočių, susijusių su valstybės įmonės vidaus administravimu, įvykdymu. Kintamosios dalies už veiklos rodiklių įgyvendinimą dydį valstybės įmonės vadovui nustato valstybės įmonės savininko teises ir pareigas įgyvendinanti institucija. Kintamoji dalis išmokama vieną kartą pasibaigus finansiniams metams ir patvirtinus finansinių ataskaitų rinkinius, atsižvelgus į praėjusių finansinių metų veiklos rodiklių įvykdymą. Kintamoji dalis negali viršyti 30 procentų valstybės įmonės vadovui praėjusiais finansiniais metais išmokėtos pareiginės algos. Už 2024 metų rezultatus, pasiekus numatytus veiklos rodiklius, LR vidaus reikalų ministerija įmonės vadovui nustatė kintamą dalį iki 15 procentų.
• Premija: valstybės įmonės savininko teises ir pareigas įgyvendinanti institucija už išskirtinį valstybės įmonės vadovo indėlį įgyvendinant valstybės įmonės tikslus arba pasiektus išskirtinius rezultatus, pasibaigus finansiniams metams ir patvirtinus finansinių ataskaitų rinkinius, valstybės įmonės vadovui iš valstybės įmonės pelno arba iš sutaupytų lėšų, skirtų darbo užmokesčiui, gali skirti premiją, kurios dydis negali viršyti jo 4 pareiginės algos dydžių.